En gravplads fra den romerske jernalder (ca. 0 - 400 e.Kr.) bevidner, at Hvanstrups jorde har været beboet helt tilbage til førhistorisk tid. I den tidlige middelalder kan stedet vel have været en lille bondesamfund som siden er samlet til en eller flere større gårde.
Hvanstrups ”dåbsbevis” er et gammelt pergamentbrev, dateret til den 30. marts 1345, hvori en vis Peder Lauritsen af slægten Panter vedgår at have pantsat to gårde i ”Hwanstorp” i Gislum herred, Farsø sogn, og stedet Hvanstrups historie går således mindst 600 år tilbage.
Der har selvsagt været utallige ejere af Hvanstrup gennem de mange århundrede. Den mest kendt var Dronning Margrethe 1., som ejede Hwanstorp 1408. Fra midten af 1400-tallet og 200 år frem var Hvanstrup nu kun een gård tilknyttet Helligåndsklostret i Aalborg, indtil Christian 4. i 1643 byttede gården væk, og Hvanstrups dage som krongods var slut.