Arvede de fire godser: Egeskov, Flintholm, Løjtved og Skjoldmose.
Han blev etatsråd og deputeret i Søkommissariet. Han var en meget dygtig mand, der for bedrede sine godser meget. Det var især ham der indhegnede markerne med stengærder, noget der dengang var højst usædvanligt. Haven ved Egeskov blev også anlagt i hans tid som snorlige alle'er og klippede hække, omtrent som den endnu er, og desuden lod han her indrette et springvand og flere lysthuse. Han lagde en del bøndergods ind under hovedgårdene, hvortil han let fik tilladelse, mod at jorden blev ufri.
Historien har dog glemt at tilføje, at Niels Krag sikkert var en meget streng godsejer, thi Fyns største bondeplager Michel Lange 1682-1756, var en lang årerække hans ridefoged på Egeskov og senere forpagter på Skjoldmose.
Niels Krags nedlæggelse af bøndergårde og hans mange processer tyder også på, at hans dygtighed har været forenet med egen nytte og strenghed. Niels Krag døde tidligt; men hans enke overlevede ham i 45 år.