Før 1808 var prins Frederik guvernør i Rendsborg og generalinspektør for fodfolket i Slesvig og Holsten. I 1808 blev prinsen general. Året efter var han udset til at føre en dansk hær fra Sjælland til Skåne. Regeringen opgav dog denne plan.
I 1809-1813 gjorde prinsen tjeneste i Norge. Han var kommanderende general i den søndenfjældske del af landet og fra januar 1810 tillige vicestatholder.
I 1813-1814 var prinsen leder af den danske hær i Holsten. I december 1813 førte han sine soldater til Rendsborg og redede dermed hæren fra undergang. Han planlagde nu et angreb på de russiske og svenske besættelsestropper i Holsten. Dette udfald blev opgivet efter Freden i Kiel i januar 1814.
I 1815 blev prinsen leder af de danske besættelsestropper i Frankrig. Efter sin hjemkomst blev han igen kommanderende general i Slesvig og Holsten. I 1836-1842 var han tillige statholder i Slesvig og Holsten.
Prins Frederik tilbragte sine sidste år på familiens gods Panker ved Østersøen.