http://wc.rootsweb.ancestry.com/cgi-bin/igm.cgi?op=GET&db=:2611341&id=I85
Hans Walter Harbou skriver:
 
- til Egeløkke, Hegnet og Nygård.
Ligesom sin storebror Søren, har også Niels Harbou været kaptajn i Ostindien – formentlig samtidig med Søren eller kort derefter. Efter hjemkomsten fik han den 1. januar 1628 bestalling søm løjtnant "til skibs og ellers til lands eller til vands". Sommeren 1630 var han næstkommanderende på orlogsskibet "Neldebladet", hvis chef var underadmiral Jørgen Orning. Han har formentlig også været til orlogs senere, for i ligtalen over hans søn kaldes han "kgl. Maj's skibskaptajn"
 
Omkring 1629 bliver han gift med Birgitte Galt, datter af Axel Galt til Tyrrestrup og Mette Rantzau. Birgitte Galt føder en søn den 30. september 1630 i Horsens, men dør i barselsseng. Derefter slår Niels Harbou sig ned i Horsens, hvorved han kommer til at bo tæt på sine svigerforældre og sin egen mødrene slægt, Mund'erne til Serritslevgård.
Den 17. marts – et halvt år før hans kones død – er også hans far død. Der bliver nu strid om arven efter hans far, idet hans mor henholder sig til et morgengavebrev (dateret Horsens, St. Martini aften 1595), iflg. hvilket hun mener sig berettiget til at bo i uskiftet bo på livstid. Niels og hans bror, Jørgen, påstår på deres side, at denne bestemmelse må være faldet væk, da der er livsarvinger. Striden behandles af flere instanser, men 27. januar 1631 har rigsråderne Jørgen
og Otto Skeel tilsyneladende afsagt en kendelse til børnenes fordel, for samme år køber Niels af Jørgen og søsteren Mette, de arveparter, som de har fået af Hvolris hovedgård og tilhørende bøndergårde.
Omkring 1637 gifter han sig med Karen Urne, datter af Hans Urne til Dræbygård og Inger Baad til Tidselholt. Karen Urne var enke efter nordmanden Isak Pedersen Maaneskjold, med hvem hun havde datteren Margrethe. Omtrent samtidig med at Niels gifter sig med Karen Urne bliver Margrethe gift med Niels' fætter Christen.
 
De to fætre deler deres jordegods således mellem sig, så Christen får de jyske besiddelser (bl.a. Hvolris og en gård i Roum) medens Niels får de fynske og langelandske besiddelser bl.a. Egeløkke og Hegnet mm.).
I 1650 har Niels fået samlet sig en hel række besiddelser, især på Langeland: hovedgårdene Nygård (lidt syd for Lohals) og Egeløkke, en vandmølle samt tre bøndergårde i Bødstrup, 5 i Snøde og 8 i Stoense sogn. Senere købte han yderligere He
gnet.
 
1651 dør Karen Urne og hendes datter, Margrethe (som jo er gift med Niels' fætter, Christen), arvede hende. Det er rimeligvis det gods, som Christen sælger til Niels' søn, Christian Harbou, som nu er 21 år.
2. marts 1653 gifter Niels sig 3. gang med Elisabeth Thermo, datter af Otto Thermo og Birgitte Vind. Birgitte Vind havde 20. februar søgt om og fået tilladelse til, at brylluppet måtte finde sted på deres gård, Ottestrup ved Ørslev på Sjælland.
Niels Harbou forekommer at have været noget trættekær. Ikke alene havde han jævnlig trætte med sin nabo, Vincents Steensen til Steensgård om markskel, jagtrettigheder osv., men også de offentlige ombud, han fra tid til anden blev pålagt, gav anledning til stridigheder, så det var ikke sjældent, at han havde 2-3 sager kørende om året ved Kongens Retterting.
 
1648 var han og Elisabeth Thermo tilsagt til Christian IV's begravelse og Frederik III's kroning. Han beseglede hyldningerne 1648, 1650 og 1655, men mærkelig nok ikke arvehyldningsakten 1661.
Efter Roskilde-freden blev der beskikket kommisarier i de forskellige len for at varetage landets og befolkningens interesser mht. indkvartering og forplejning af de svenske tropper, indtil de skulle forlade landet efter fredstraktatens bestemmelser. For Langelands vedkommende blev dette hverv 7. marts 1658 pålagt Niels Harbou og Vincents Steensen. Da krigen imidlertid brød ud igen, var småøerne den del af landet, der længst var forskånet for invasion. Efter at den hollandske flåde var kommet København til undsætning, blev det bestemt, at Langeland skulle give underhold til et regiment med 600 heste. Den 15. november 1658 fik Vincents Steensen et brev om at sørge for disse rytteres indkvartering, samt at anmode adelen om at yde hjælp til deres underhold.
Niels Harbou protesterer i et brev til kongen, skrevet den 1. december 1658, i hvilket han bl.a. anfører, at Langeland "aff Fienden er gandske ruineret och udpløndret". Var forholdene på Langeland slemme på det tidspunkt, skulle de dog blive endnu værre.
Den 7. og 8. februar forsøgte svenskerne at sætte over til øen, men angrebet blev afslået ved det langelandske landeværns heltmodige modstand under anførsel af Vincents Steensen. Men svenskerne angreb igen, og omkring den 21 marts var langelændernes modstand brudt og øen besat af svenskerne.
I et brev til kongen fortæller Niels Harbou, hvorledes svenskerne havde taget ham til fange og sat ham i arrest i Odense. Der sad han i 4½ måned indtil hans kone løskøbte ham med sine smykker, specificeret ét for ét. Siden hans tilfangetagelse havde der på gården været indkvartering af 85 heste med ryttere og soldater, der havde spist gårdens besætning – foruden at han havde måtte tage pant i gården for at kunne betale yderligere 200 rigsdaler til den svenske general. Han beder, om kongen vil betale ham de 200 rigsdaler.
I anledning af, at Tranekær len skal besigtiges fordi lensmanden, grev Christian Rantzau ønsker at overdrage lenet til sin svigersøn, Frederik Ahlefeld, får Erik Kaas og Niels Harbou brev om at foretage en besigtigelse af Tranekær len og slot. Den rapport, der bliver udfærdiget den 3. juni (eller juli) 1660, giver et højst mistrøstigt billede af forholdene på øen. Gårdene betegnes som "øde og forarmede", "nedbrændte" etc. etc.
Niels Harbou må være død i begyndelsen af 1679, for den 12. maj 1679 holdes der skifte over ham. Han er formentlig blevet bisat i den begravelse, som han den 18. oktober fik bevilling til at lade indrette i Stoense kirke, hvor også flere af familien er begravet under prædikestolen.
 
På Stoense kirke er kirketårnet forsynet med initialerne: NH og HH – jeg kan ikke med bestemthed sige, hvem det er. Niels Harbou + ?